Évaluation prospective de la plateforme métagénomique ciblée ONETest™ pour identifier les agents pathogènes des voies respiratoires en vue d’un diagnostic précis et du recrutement d’essais cliniques.

Défi : Les infections des voies respiratoires (IVR) sont une cause majeure de morbidité, de mortalité et d’hospitalisation dans le monde. Pourtant, de nombreux cas de RTI ne sont toujours pas diagnostiqués et les RTI sont souvent traitées de manière empirique parce que le ou les agents étiologiques ne sont pas identifiés. L’approche diagnostique actuelle est complexe et prend souvent plusieurs jours, voire plusieurs semaines. Elle peut également ne pas détecter un large spectre d’agents pathogènes et ne pas déterminer si l’identification reflète une colonisation ou une véritable infection pour certains agents. Il existe donc un besoin urgent de technologies de diagnostic innovantes pour les ITG.

Solution : L’équipe a développé l’ONETest™, une plateforme de bout en bout basée sur le séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses. L’ONETest™ peut cibler n’importe quel ensemble arbitraire d’agents pathogènes et produire des informations génomiques complètes à leur sujet, de manière sensible et efficace en termes de temps. L’équipe propose ici une étude clinique prospective visant à interroger un large éventail d’échantillons recueillis au cours de soins cliniques de routine auprès d’environ 1 000 patients chez qui une ITR a été diagnostiquée. Le spectre des spécimens permettra d’étendre l’évaluation de l’ONETest™ pour tester les ITR supérieures et inférieures pour les pathogènes viraux, bactériens et fongiques. Les résultats seront comparés aux protocoles conventionnels. En outre, des échantillons d’individus en bonne santé seront également profilés pour leur flore respiratoire.

Réalisations/Retombées : L’objectif de l’étude est de fournir des informations clés en utilisant des données séquentielles, qui ne sont pas générées par des méthodes conventionnelles, afin de mieux comprendre le paysage épidémiologique actuel des ITG. Le projet devrait aboutir à une base de données métagénomique ciblée et annotée cliniquement, constituée d’échantillons respiratoires provenant de patients atteints d’une ITR et de participants sains. Ces données et outils ont des applications tant dans le secteur de la R&D biopharmaceutique que dans la pratique clinique. Tout en améliorant la prise en charge des patients, ONETest™ pourrait également servir d’outil de diagnostic compagnon pour les essais cliniques de médicaments.