MOHAMMAD A. QADIR

Évaluation prospective de la plateforme métagénomique ciblée ONETest™ pour identifier les agents pathogènes des voies respiratoires de manière à faciliter un diagnostic précis et le recrutement pour les essais cliniques

Défi : Les infections des voies respiratoires sont une des principales causes de morbidité, de mortalité et d’hospitalisation dans le monde. Tandis que de nombreux cas ne sont pas diagnostiqués, les infections des voies respiratoires sont, d’autant plus, souvent traitées de manière empirique faute d’avoir pu identifier le ou les agents étiologiques. Les méthodes de détection actuelles sont complexes et nécessitent souvent plusieurs jours, à plusieurs semaines avant qu’un diagnostic ne puisse être établi. De plus, il peut s’avérer difficile de détecter un large spectre d’agents pathogènes ou de différencier une colonisation d’une véritable infection. Des technologies novatrices visant au diagnostic des infections respiratoires sont donc nécessaires.

Solution : L’équipe a mis au point ONETest™, une plateforme de séquençage de nouvelle génération conçue pour le diagnostic et la surveillance des maladies infectieuses. ONETest™ peut cibler n’importe quel ensemble de pathogènes et produire des informations génomiques complètes, de manière sensible et rapide. Dans le cadre de ce projet, l’équipe entreprendra une étude clinique afin d’examiner un vaste éventail d’échantillons prélevés lors de soins cliniques de routine auprès de 1 000 patients ayant reçu un diagnostic d’infection des voies respiratoires. Le spectre des échantillons permettra d’élargir l’évaluation de ONETest™ pour dépister les infections des voies respiratoires supérieures et inférieures causées par des pathogènes viraux, bactériens et fongiques. Les résultats seront comparés aux protocoles conventionnels. De plus, des échantillons provenant de sujets en bonne santé feront l’objet d’une analyse de la flore respiratoire.

Réalisations attendues/retombées : Cette étude a pour objectif de mieux comprendre l’écosystème épidémiologique des infections respiratoires en recueillant des informations clés grâce à des données de séquençage, qui ne sont pas générées par les méthodes conventionnelles. Ce projet devrait aboutir à une base de données métagénomique clinique ciblée et annotée composée d’échantillons respiratoires issus de patients en santé et de patients atteints d’infections respiratoires. Ces données et outils seront tout aussi utiles pour le milieu clinique que dans le cadre de programmes de recherche et développement pharmaceutiques. En plus de permettre une meilleure prise en charge des patients, ONETest™ pourrait aussi servir d’outil de diagnostic compagnon en contexte d’essais cliniques.

Chercheur principal :

Mohammad A. Qadir
Fusion Genomics

Co-chercheur :

Samira Mubareka
Sunnybrook Research Institute

 

Projet en cours
1 287 067 $ / 1 an

 

Soutenu par CQDM par l’entremise de :
• Merck Canada
• RCE-EEt par le partenaire de financement :
• Fusion Genomics